Trường THPT Hàm Long được thành lập ngày 20 tháng 11 năm 2004 theo Quyết định số 184/QĐ-UB của UBND tỉnh Bắc Ninh với tên gọi trường THPT Quế Võ số 4. Năm học 2005 – 2006 trường tuyển sinh khóa học đầu tiên với 8 lớp 400 học sinh, do chưa có địa điểm riêng nên trường học nhờ ở trường THCS Phương Liễu huyện Quế Võ. Năm học 2006 – 2007 trường tuyển sinh khóa học thứ hai với 7 lớp 10, 350 học sinh, 8 lớp 11 tiếp tục học nhờ trường THCS Phương Liễu huyện Quế Võ, 7 lớp 10 học nhờ ở trường THPT dân lập Quế Võ (nay là trường THPT Phố Mới). Năm học 2007 – 2008 trường chuyển ra địa điểm hiện nay với 12 phòng học cấp 4. Tháng 9 năm 2009 dãy nhà lớp học 4 tầng hoàn thành, trường học chuyển lên học và các phòng làm việc tại dãy nhà 4 tầng. Tháng 9 năm 2013 dãy nhà điều hành và nhà đa năng hoàn thành đưa vào sử dụng. Năm 2007 do xã Nam Sơn tách về địa bàn thành phố Bắc Ninh nên ngày 22 tháng 12 năm 2008 trường được đổi tên thành trường THPT Hàm Long theo Quyết định số 1860/QĐ-UBND của UBND tỉnh Bắc Ninh. Hiện nay vị trí của trường thuộc xã Nam Sơn thành phố Bắc Ninh, nằm ở vùng giáp ranh giữa huyện Quế Võ và thành phố Bắc Ninh.

          Trong quá trình xây dựng và trưởng thành trường luôn nhận được sự quan tâm, giúp đỡ mọi mặt của các cấp ủy chính quyền từ tỉnh đến địa phương, đặc biệt là sự quan tâm chỉ đạo của Sở GD&ĐT Bắc Ninh. Tập thể cán bộ giáo viên trong trường luôn đoàn kết, thống nhất cao từ Chi ủy, Chi bộ, Ban giám hiệu và toàn thể Hội đồng sư phạm. Vì vậy, cơ sở vật chất và cảnh quan trường từng bước được thay đổi khang trang và hiện đại, thành tích của trường cũng ngày một nâng cao, tạo được niềm tin đối với nhân dân trong khu vực. Chất lượng giáo dục của nhà trường hằng năm ổn định và có chiều hướng phát triển, những năm gần đây nhà trường luôn được công nhận là tập thể lao động tiên tiến, tập thể lao động xuất sắc.

Trường có đội ngũ giáo viên đồng đều về chất lượng, yêu ngành, yêu nghề, có phẩm chất đạo đức tốt, tận tuỵ với sự nghiệp giáo dục. Cơ sở vật chất nhà trường có nhiều thuận lợi, trường có đủ 100% số phòng học, phòng làm việc kiên cố, 100% số phòng học của nhà trường đều được trang bị đầy đủ các thiết bị của phòng học thông minh. Chi bộ Đảng và Đoàn thể quần chúng hoạt động tốt, hàng năm đều đạt danh hiệu vững mạnh và vững mạnh xuất sắc. Trường được công nhận trường đạt chuẩn Quốc Gia giai đoạn 2015 -2020.